Den 19 september 2006 fick den ensidiga dominansen av Thailands politiska arena av Thai Rak Thai och Thaksin Shinawatra ett abrupt slut. Samtidigt som Thaksin själv var i New York för att tala inför FN tog den thailändska militären, under ledning av arméchef Sonthi Boonyaratglin, tillfället i akt att ta över regeringsbyggnaderna i Bangkok genom användandet av gulflaggade stridsvagnar och automatgevär. Helt i enlighet med thailändsk tradition skedde kuppen utan en enda droppes blodspillan. Kuppen ansågs sanktionerad av Thailands statschef Kung Bhumibol Adulyadej (Rama IX — läs vidare under avsnittet om Kungen). Givet militärens gulflaggning var detta såväl något som de flesta trodde som hoppades. Detta var av allt att döma också en av anledningarna till att så många som 80 procent av Thailands befolkning uppgavs stödja kuppen. Kungen gav dock aldrig officiellt något uttalat stöd för kuppen, även om han heller aldrig uttalat fördömde den.
Rent allmänt kan nämnas att militärkuppen var en förhållandevis lugn tillställning. I större delen av landet märktes, precis som vid den fruktansvärda tsunamin i december 2004, inte särskilt mycket alls. Samtliga TV-sändningar bröts dock tillfälligt till förmån för en kortare förklaringstext på thai.
Som ett led i kuppen installerade kuppmakarna ett så kallat Council for Democratic Reform (CDR). Detta blev dock snart omdöpt till Council for National Security (CNS). Det dröjde inte länge innan en så kallad interimsregering utsågs. Regeringen var till stor del bestående av höga militärer och hade Surayud Chulanont som tillförordnad premiärminister. Snabbt åsidosattes den befintliga konstitutionen ”People’s Charter” från 1997 eftersom den ansågs otillräcklig i att förhindra den påstått omfattande korruption och maktmissbruk som Thaksinregeringen upprätthållit. Istället deklamerades ett antal kungöranden att gälla till dess en ny konstitution skapats. Nyval skulle därefter vara möjligt att hålla inom ett års tid — något som inte skulle visa sig hållas, om än nästan.
